Знакомство с «сильными мира сего», помимо высокого профессионализма, содействовало успешному карьерному росту князя. Правительство Болгарии в декабре 1882 года пригласило его на пост управляющего министерством общественных работ, путей сообщения, торговли и земледелия.
За это время он многое сумел сделать для развития хозяйства этой страны. Но сентябрьский переворот 1885 года заставил русских покинуть Болгарию.
Михаил Иванович возвратился в Россию и снова поступил на Закаспийскую железную дорогу, но уже в роли начальника дороги. С марта 1893 года Михаил Иванович заступил на должность главного инспектора российских железных дорог, а 4 января 1895 года он становится управляющим Министерством путей сообщения.
С назначением М.И. Хилкова министром, работа этого ведомства приняла крайне интенсивный характер. Протяжённость железных дорог России выросла с 35 до 60 тыс. км, а их грузооборот удвоился. Ежегодно возводилось около 2,5 тыс. км железнодорожных путей (таких темпов не было даже в советский период) и около 500 км автомобильных дорог.
Хилков официально разрешил массовое использование автомобиля в качестве пассажирского и грузового транспорта. Именно с 11сентября 1896 года начинается история автотранспортной отрасли России.
Именно Хилкову принадлежит заслуга учреждения в 1896 году профессионального праздника железнодорожников, который отмечается и поныне. Но всё же, наибольшее внимание министра занимали проблемы усиления Великого Сибирского пути.
Грандиозные работы были развёрнуты на Транссибирской магистрали. Хилков был уверен, что русская железнодорожная сеть (в первую очередь Транссиб) способна обеспечить быструю доставку товаров из Азии в Западную Европу, минуя длительный кружной морской путь через Суэцкий канал.
27 января 1904 года началась русско-японская война, и на восток скорым ходом полетели воинские эшелоны. Нелёгкая задача выпала министру путей сообщения Хилкову, но в отличие от военных, справился с ней он успешно. Корреспондент английской газеты «Таймс» подчёркивал, что князь Хилков оказался для Японии более опасным противником, чем военный министр Куропаткин.
История министра Сергея Витте
Император Николай II, после неожиданной смерти своего великого отца императора Александра III, получил в наследство великолепно подобранный кабинет министров. Сергей Витте, Петр Столыпин и остальные министры были очень серьезными специалистами своего дела. Отношения с Николаем II у Витте складывались сложно.
С одной стороны, император ценил его как специалиста, с другой же придворные интриги (на которые, кстати, и сам Сергей Юльевич был тот еще мастак) сильно осложняли положения министра финансов. Затем возникли сложности с аграрным проектом, застрельщиком которого был Петр Аркадьевич Столыпин. Встретив сопротивление помещиков, Витте отступил, а автора спорного закона уволил.
Долго, однако, лавировать между интересами противоборствующих группировок было невозможно. В конце концов, в 1903 году Витте своего поста лишился. Однако именно Сергея Витте летом 1905 года Николай II посылает в Портсмут (США) для заключения мирного договора с Японией.
За успешное выполнение этого поручения Витте был возведён в звание графа. Так как ему удалось выторговать у Японии половину Сахалина (она претендовала на весь), получил шутливое прозвище «граф Полусахалинский». Когда самодержавие снова почувствовало под собой твёрдую почву, Витте был оправлен в отставку (22 апреля 1906 года). Последняя опала длилась вплоть до его смерти в 1915 году. В феврале 1915 года Сергей Юльевич Витте заболел менингитом и умер.
Согласно воспоминаниям посла Франции в Петербурге Ж.М. Палеолога, император Николай II, с которым посол беседовал 3 марта, согласился с тем, что «большой очаг интриг погас вместе с ним» (слова из телеграммы Палеолога своему правительству о смерти Витте) и добавил: «Смерть графа Витте была для меня глубоким облегчением. Я увидел в ней также знак Божий».
После убийства Столыпина, которого Николай II также не любил, император окружил себя министрами на свой вкус.
Выдвиженец Сергея Витте — Михаил Иванович Хилков, несмотря на огромные заслуги и явную полезность государству, в октябре 1905 года был также отправлен в отставку. В утешение, Михаилу Ивановичу присвоили звание статс-секретаря и назначили членом Государственного совета. Через четыре года после отставки, 8 марта 1909 года, Михаил Иванович скончался в Петербурге.
Похоронен в селе Головское Бежецкого уезда (ныне территория Сонковского района) на фамильном кладбище дворян Неведомских, рядом со своей второй женой А.Н.Хилковой (Неведомской).
Павел Петрович Мельников и Михаил Иванович Хилков поистине два гиганта Российской истории, сделавшие колоссальные усилия для становления России великой железнодорожной державой, которой она является и поныне. Однако с останками Хилкова, как и с останками Мельникова все получилось совсем не просто.
В 1976 году через территорию кладбища была проложена внутрихозяйственная асфальтированная колхозная дорога. В ходе строительства был вскрыт склеп. Очевидцы рассказывают, что захоронение присыпали песком, а надгробные плиты сдвинули на обочину.
Так историческая могила министра путей сообщения Российской империи оказалась заасфальтированной под дорожным полотном. К сожалению, в России любят делать из собственного головотяпства и безразличия — праздник.
Инициативная группа обнаружила могилу и обратилась к Министру транспорта России с просьбой восстановить историческую справедливость.
2 августа 2016 года в Тверской области состоялось открытие двух памятных знаков, посвящённых министру путей сообщения Российской империи, князю Михаилу Ивановичу Хилкову: обелиска на месте захоронения (погост Головское) и бюста на станции Сонково.
В церемонии открытия принял участие исполняющий обязанности губернатора Тверской области Игорь Руденя, министр транспорта РФ Максим Соколов, вице-спикер Государственной думы РФ Владимир Васильев, президент ОАО «Российские железные дороги» Олег Белозёров, потомок князя Александр Хилков.
Место для памятника выбрано не случайно. Здесь, возле Казанской церкви села Головское, похоронены родственники князя Хилкова. Здесь же он завещал похоронить и себя. На месте захоронения отслужили молебен, к памятнику возложили цветы.